كتائب شهداء الأقصى هي أحد الأجنحة العسكرية التابعة لحركة فتح.

تشكلت عام 2000 بأمر مباشر من ياسر عرفات إلى اللواء جهاد العمارين وكانت عبارة عن تشكيلات عسكرية ممتدة في قطاع غزة والضفة الغربية ولها عمليات عسكرية ضد قوات الاحتلال "الإسرائيلية" ومراكزها.

انتهت حركة فتح من العمل المسلح بشكل رسمي في عام 2007 حيث سلم أفراد كتائب شهداء الأقصى السلاح مقابل أن تعفو عنهم سلطات الاحتلال "الإسرائيلي"، لتقوم السلطة الفلسطينية في الضفة الغربية بإنهاء العمل المسلح لكافة الفصائل الفلسطينية.

وجاءت عمليات وقف ملاحقة جيش الاحتلال "الإسرائيلي" لعناصر تنتمي لكتائب الأقصى بهدف دعم رئيس السلطة وقائد حركة فتح محمود عباس في مواجهة حركة حماس، كما واشترطت سلطات الاحتلال لوقف ملاحقة المطلوبين من كتائب الأقصى "الالتزام ثلاثة أشهر بعدم ممارسة أي نشاط علني أو سري وعدم الخروج من مناطق في الضفة الغربية التي يفترض أن تكون خاضعة لسيطرة السلطة الفلسطينية أمنيًا وإداريا، كما واشترطت أيضا "عدم حمل السلاح أثناء ذلك لأي سبب كان لحين تسلم سلطات الاحتلال السلطة قائمة جديدة تشمل المطاردين الذين تقرر العفو عنهم نهائيًا.

وفي عام 2007 أعلن القيادي في كتائب شهداء الأقصى زكريا الزبيدي بوقف الهجمات على الاحتلال، عقب قرار "إسرائيلي" بالعفو عن 189 مطلوبا من حركة فتح، وقد لاقى ذلك جدلاً واسعا.

كتائب شهداء الأقصى لا تعتبر مجموعة "إسلامية" بل هي جناح عسكري وطني تابع لحركة وطنية تتبنى الفكر العلماني.