حصلت جامعة الأقصى على اعتماد من الهيئة الوطنية للاعتماد والجودة بوزارة التربية والتعليم العالي لبرنامج الماجستير

والبكالوريوس في التخصصات التالية: " ماجستير الإدارة التربوية، ماجستير الكيمياء" وفي برنامج البكالوريوس تخصص "التدريب الرياضي"  وذلك ابتداءً من العام الدراسي 2017/2018م

و أكد رئيس جامعة الأقصى الدكتور كمال الشرافي  حرص الجامعة  للارتقاء بالتعليم النوعي من خلال اختيار التخصصات النوعية، مشدداً  على ضرورة  التركيز على الدراسات العليا  والعمل على تعزيز التطوير المؤسسي للجامعة، وتطوير البرامج الأكاديمية الحالية لمرحلة الماجستير والبكالوريوس وتطويرها وفق معايير الجودة ومتطلباتها، بما يلبي حاجات المجتمع الفلسطيني

وتمنى د . الشرافي  أن تبقى جامعة الأقصى بغزة منارة للعلم والمعرفة، ورمزاً للحضارة والثقافة في المجتمع الفلسطيني

من جانبه، أوضح نائب رئيس الجامعة للشؤون الأكاديمية الأستاذ الدكتور أيمن صبح، أن اعتماد برامج الماجستير والبكالوريوس يعد مكسباً لطلبة الجامعة وللمجتمع الفلسطيني.