اعتمدت وزارة التخطيط محافظة خانيونس كمركز إقليمي ثاني حسب المخطط الإقليمي لمحافظات قطاع غزة ، والذي تقوم فكرته على اعتماد مركزين إقليميين حيث يتمثل  الإقليم الأول في الشمال " محافظة غزة " وهو محور إداري –سياسي فى حين يتضمن  الإقليم الثاني في الجنوب " محافظة خان يونس" على محورين الأول محور سياسي – ثقافي ، والثاني محور زراعي – صناعي .

من جانبها قالت المهندسة إيناس الرنتيسي مدير دائرة الخطط والسياسات (إن إعداد مخطط خانيونس المقترح عام 2025 سيتم على ثلاث مراحل المرحلة الأولى من عام 2010 حتى عام 2015 ، والمرحلة الثانية من عام 2015 حتى عام 2020 ، أما المرحلة الثالثة من عام 2020 وحتى عام 2025)

وأكدت الرنتيسي على أن استكمال عمل المخطط عبر القطاعي لمحافظة خانيونس سيتم بالاجتماع مع كافة البلديات ذات العلاقة وذلك من أجل التوصل إلى الحل الأمثل الذي يضمن التدرج الهرمي السليم للخدمات العامة وضمان حفظ الأراضي الزراعية الواجب حمايتها وكذلك حفظ مساحات كافية تضمن حق الأجيال القادمة مشيره إلى أن هذا المخطط يعتبر الخطوة الأولى في هذا المجال حيث سيتبع بتخطيط باقي محافظات قطاع غزة من الشمال إلى الجنوب.