أعربت  وزارة الإعلام عن بالغ استهجانها  إزاء الاتهامات ضد الحكومة الفلسطينية برئاسة إسماعيل هنية وضد جهاز الأمن الداخلي التابع لوزارة الداخلية على وجه التحديد، وذلك في ندوة عقدتها في مدينة غزة الثلاثاء 11/8/2009م، حيث اتهمت الهيئة المذكورة الحكومة الفلسطينية وجهاز الأمن الداخلي بممارسة التعذيب بحق ما أسمتهم "المحتجزين"، وذكرت أن الحكومة في غزة تمارس "الاعتقال السياسي"، إضافة إلى جملة من الاتهامات المسيئة والتي تهدف إلى تشويه صورة الحكومة الفلسطينية

وطالبت الوزارة في بيان صدر عنها  الهيئة بأن تتراجع عن هذه الاتهامات غير المنطقية وغير الواقعية كما طالبت الإخوة في  وزارة الداخلية بمراجعة الإخوة في الهيئة المستقلة لحقوق الإنسان بشأن هذه الاتهامات التي تسيء للحكومة الفلسطينية، وأخذ خطوات قانونية بحقها، لاسيما بعد الحديث العلني باتهامات لا تمت للواقع بصلة.

وأكدت  الوزارة على  أن هذه الاتهامات تنم عن عقلية غير واعية لبعض مسئولي الهيئة، وتبين أن هذه الاتهامات تسيء إلى المنظمة إياها أكثر من غيرهامستغربه من تزامن هذه الاتهامات مع شهادات أخرى لمؤسسات حقوقية تشيد بالواقع الحقوقي الإيجابي في قطاع غزة، وتخشى الوزارة أن تكون هذه الاتهامات بناء على أهواء شخصية أو فئوية لا علاقة لها بالعمل الحقوقي الموضوعي النزيه.

كما تنظر الوزارة بخطورة إلى قفز الهيئة المستقلة لحقوق الإنسان عن العديد من حالات القتل المتعمد والممنهج في سجون الأجهزة الأمنية في الضفة الغربية وعدم التطرق له أو الحديث عنه وعن الواقع التعذيبي هناك، وكذلك غض النظر عن تلك الممارسات التي تنتهك حقوق الإنسان بشكل واضح وصريح، مستهجنه المواقف الباهتة بهذا الشأن، وعلى أن يكون هذا القفز مبني على مصالح تبادلية خاصة أو مخاوف من إجراءات بحق الهيئة في الضفة الغربية.

وعبرت  الوزارة عن خشيتها من إتباع سياسة النظر بعين واحدة إلى الواقع الفلسطيني المعقد، وتؤكد على ضرورة العمل بحيادية وعدم تكبير الأحداث الصغيرة وتصغير الجرائم والانتهاكات التي تمس حقوق الإنسان.

كما أن وزارة الإعلام تدرس إعلان المقاطعة للهيئة المستقلة لحقوق الإنسان كونها أثبتت في أكثر من موقف أنها هيئة غير مستقلة ولا تعمل بحيادية في كثير من المواقف داعية الهيئة إلى العودة إلى العمل الحقوقي السليم وفق الرؤية القانونية المنهجية، محذره إياها وغيرها من الانزلاق عن المنهجية القانونية في التعامل مع الواقع الفلسطيني، على اعتبار أن ذلك يضر بتلك المؤسسات وأنه يعمل على تضليل الرأي العام، مما يستوجب وقتها باتخاذ الإجراءات اللازمة لحماية المواطن الفلسطيني المستهدف أصلا من قبل الاحتلال وغيره.